viernes, 19 de diciembre de 2014

Bacterias no cultivables: llevamos más de 120 años preparando mal los medios de cultivo

Autoclavar juntos el fosfato y el agar inhibe el crecimiento de las bacterias

Un grupo de investigadores japoneses (1) han descubierto que la preparación de los medios de cultivo con agar, que llevamos haciendo desde los tiempos de Koch, puede inhibir el crecimiento de muchas bacterias. En realidad es un hecho conocido que el número total de células en un cultivo no suele coincidir con las que se cuentan sobre una placa de Petri, pero hasta ahora no sabíamos la razón. Estos autores han descubierto que cuando se autoclavan juntos el fosfato y el agar para preparar un medio sólido, la cantidad de colonias bacterianas totales que se obtiene es 50 veces menor que cuando se autoclavan de forma separada. Autoclavar juntos el agar y el fosfato genera compuestos tóxicos que inhiben el crecimiento bacteriano. El análisis químico sugiere que esta inhibición del crecimiento es debida a la producción de peróxido de hidrógeno (H2O2), un agente oxidante tóxico.

Además, secuenciaron un total de 6.528 colonias bacterias que crecían en los distintos medios. Comprobaron que en los medios con el fosfato autoclavado por separado había más de un 30% de géneros bacterianos clasificados como “no cultivables” que no crecían en los medios con fosfato y agar autoclavados juntos. Han comparado también los resultados de la secuenciación masiva de muestras ambientales con el cultivo. Como cabía esperar, observaron que la secuenciación revelaba muchos más grupos bacterianos que el cultivo: por ejemplo, mediante secuenciación directa fueron capaces de detectar 53 grupos bacterianos en muestras de suelo, pero solo 6 fueron capaces de crecer en los medios de cultivo. Esto confirma la idea de que la mayoría de los microorganismos ambientales son no cultivables.

(1) A hidden pitfall in the preparation of agar media undermines microorganism cultivability. Tanaka T, et al. Appl Environ Microbiol. 2014. 80(24):7659-7666.

miércoles, 10 de diciembre de 2014

Presentación del GEDDI

El Grupo especializado en detección, diagnóstico e identificación de la SEF, nace al amparo de la normativa para la creación de Grupos de Trabajo dentro de la SEF en julio de 2011. Entre los objetivos de este Grupo destaca la organización de reuniones, seminarios, etc. relacionadas con la detección, el diagnóstico y la identificación de patógenos vegetales, la participación en proyectos de investigación coordinados, la publicación de trabajos científicos y divulgativos, la armonización de técnicas de detección y diagnóstico, apoyo a las labores de acreditación y contribución al uso correcto del léxico específico.

En la actualidad el GEDDI-SEF está formado por 109 miembros. Aquellos socios de la SEF que estén interesados en participar en este Grupo o que quieran más información pueden ponerse en contacto en el siguiente correo electrónico: geddi.sef@gmail.com.

El GEDDI-SEF celebra sus Asambleas cada 2 años, haciéndolas coincidir con los Congresos de la Sociedad Española de Fitopatología, y sus Reuniones Científicas los años que no hay Congreso. En la última Asamblea del GEDDI-SEF se renovó a la Junta Directiva, formada por presidente, vocal y secretario.

lunes, 24 de noviembre de 2014

Estandarización de trampas vegetales para captura de Phytophthora


Comisión para la Estandarización de Trampas Vegetales para captura de oomicetos del género Phytophthora.
El objetivo de esta comisión es desarrollar un protocolo de utilización de las trampas vegetales más apropiadas para cada especie/hospedador de Phytophthora spp.
La Comisión esta coordinada por Antonio V. Sanz (Centro de Sanidad Forestal de Calabazanos, Palencia) y cuenta con la participación de Juan Bascón, Jesús Collar, Felipe Siverio, Purificación Benito, Miguel Cambra, Remedios Santiago, Susana Gutiérrez, Juana I. Páez, Antonio V. Sanz y Paloma Abad.
Esta Comisión tiene sus trabajos bastante avanzados. Los resultados obtenidos se comunicarán a todos los miembros del GEDDI. 

Estandarización de medios de cultivo para Phytophthora


Comisión para la Estandarización de Medios de cultivo para oomicetos del género Phytophthora.
Su objetivo es desarrollar protocolos para la elaboración de medios de cultivos para el aislamiento e identificación de Phytophthora spp. (V8, PARP,...) basados en componentes estandarizables.
La Comisión esta coordinada por Elena Landeras (Laboratorio de Sanidad Vegetal de Asturias) , y cuenta con la participación de Juan Bascón, Jesús Collar, Felipe Siverio, Purificación Benito, Miguel Cambra, Remedios Santiago, Susana Gutiérrez, Juana I. Páez, Antonio V. Sanz y Paloma Abad.
Esta Comisión tiene sus trabajos bastante avanzados. Los resultados obtenidos se comunicarán a todos los miembros del GEDDI. 

viernes, 21 de noviembre de 2014

II Asamblea del GEDDI (Lérida, 2014)


El 7 de octubre de 2014 tuvo lugar en Lérida la II Asamblea del Grupo Especializado en Detección, Diagnóstico e Identificación. 



En esta Asamblea la Comisión Gestora presentó las actuaciones realizadas desde la Asamblea anterior.

Se renovó la Junta Directiva, con la reelección de Jose Luis Palomo como Presidente y Mariano Cambra como Vocal.
Se propusieron nuevas actividades para el periodo 2014-2016 y se eligió Sevilla como sede para la II Reunión del GEDDI.

jueves, 20 de noviembre de 2014

I Symposium GEDDI-SEF


Con el título “Estrategias de detección e identificación de patógenos de plantas basados en secuenciación de ácidos nucleicos”, el I Symposium GEDDI-SEF se celebró el pasado 7 de octubre de 2014 en el Palacio de Congresos de Lérida.
Organizado por Jaime Cubero  (INIA, Madrid), contó con la participación de Ana Aguado, Jaime Cubero, Pablo Llop y Edson Bertolini.
En el simposio se presentaron y discutieron aspectos relacionados con métodos de identificación y detección de patógenos basados en técnicas de código de barras (barcoding) y/o secuenciación masiva. Se discutió además sobre la necesidad de disponer de colecciones de microorganismos y bases de datos de secuencia fiables para apoyar estas estrategias.


I Reunión del GEDDI-SEF (Logroño, 2013)


El 15 y 16 de octubre de 2013 tuvo lugar la I Reunión Científica del GEDDI-SEF en la Bodega Institucional de La Grajera, en Logroño.
Organizado por Milagros Marín (LR, Rioja), la reunión fue un éxito de participación con más de 40 asistentes y 37 comunicaciones (2 nematodos, 12 bacterias y fitoplasmas, 9 hongos y oomicetos, 11 virus y viroides, 3 aspectos generales).
También hay que destacar una ponencia invitada sobre la Acreditación en Laboratorios de Diagnóstico por Leonor Torrano del LR de la Rioja.





Logotipo


Uno de los objetivos de la Junta Directiva ha sido la creación de un Logo que proporcionara una mayor identidad al grupo.
Su autor ha sido Manuel Mayorga del Laboratorio de Producción y Sanidad Vegetal de Sevilla.
El logotipo ha sido ratificado en una votación por el 97% de los votos de los socios del GEDDI..  

Comisión de Léxico


Su objetivo es la elaboración de una lista de términos relacionados con la detección, diagnóstico e identificación de patógenos vegetales, y de la patología vegetal en general.

Coordinada por Mariano Cambra (IVIA), cuenta con la participación de Javier Romero, Milagros López , M. Isabel Aguilar, Francisco Monte y Juana Isabel Páez.

Durante el 2014-15 se tiene previsto enviar a los socios del GEDDI las diferentes entradas para que revisen y hagan aportaciones. A continuación se efectuará una revisión final y posteriormente se abrirá a todos los socios de la SEF.


Guía para la Acreditación de Laboratorios de Sanidad Vegetal


Se ha elaborado un "Guía para la Acreditación de Laboratorios de Sanidad Vegetal" que sirva de apoyo a todos aquellos laboratorios que van a iniciar el proceso de Acreditación con la norma ISO-17025.

Esta comisión ha sido coordinada por Milagros Marín (LR, Rioja) y ha contado con la participación de Teodora Tornos e Israel Cornago.

La Guía se remitió a los socios y está disponible en la web del GEDDI.


Hibridación con polisondas para detectar virus y viroides del tomate


Evaluación de la reproducibilidad de la técnica de hibridación molecular no radiactiva con polisondas marcadas con digoxigenina, para detectar simultáneamente virus y viroides del tomate. 
Patógenos ensayados: 12 virus (poli12: PMoV, PepMV, TSWV, PVY, ToMV, CMV, ToTV, AMV, TICV, ToCV, TYLCV y TEV), 4 viroides (Poli4: CEVd, PSTVd, TASVd y TPMVd) o todos juntos (Poli16).
Organizador:  Jesús Ángel Sánchez (IBMCP-CSIC)
• Participantes: Ana I. Espino, Juan Bascón, Isabel Font, Ana Alfaro, Esther Torres, Israel Cornago, Remedios Santiago, Paloma Castillo, Carmen Rodríguez.
Los resultados obtenidos se presentaron en la I Reunión del GEDDI-SEF celebrada en Logroño en octubre de 2013.

Performance test Candidatus Liberibacter


Performance Test para la detección de Ca Liberibacter spp. (HLB) y Ca Liberibacter solanacearum.

Fecha:  Diciembre de 2012
Organizador:  Mariano Cambra (IVIA).
Participantes: Nieves Capote, Jaime Cubero, Rafael Flores, Jose Luis Palomo, Olga Aguín, Juan Bascón, Milagros Marín, Javier Peñalver, Gabriela Teresani y Carmen Martínez.
Los resultados obtenidos se presentaron en la I Reunión del GEDDI-SEF celebrada en Logroño en octubre de 2013.

jueves, 23 de octubre de 2014

I Asamblea del GEDDI

El 17 de septiembre de 2012 tuvo lugar en Málaga la I Asamblea del Grupo Especializado en Detección, Diagnóstico e Identificación. 

En esta Asamblea la Comisión Gestora presentó los trabajos realizados para la creación del GEDDI-SEF, sus objetivos y las actividades a realizar.
Se eligió la primera Junta Directiva formada por Presidente, Secretario y Vocal.